Auch wenn Andy Warhol meinte, dass in Zukunft jeder Mensch für ca. 15 Minuten lang Berühmtheit erlangen könnte, so ganz würde dem Hauptcharakter der Splinter Cell Reihe Sam Fisher seine Berühmtheit wohl momentan nicht gefallen. Am Ende von Splinter Cell Double Agent, verschwand Fisher nämlich spurlos und befindet sich seitdem auf der Flucht vor seinem ehemaligen Auftraggeber Third Echelon (NSA). Im fünften Teil der Splinter Cell Reihe, will Ubisoft diese Flucht und die damit verbundenen Wendungen besonders intensiv inszenieren, dazu sollen die Abschnitte des Spiels zwar kürzer jedoch auch zahlreicher werden.

Ähnlich wie ATARIs Alone in the Dark , plant der Publisher die einzelnen Spielabschnitte als Episoden aneinander zu reihen. Nach letztem Stand sollen ganze 60 Episoden später die Spieler erfreuen. Statt die Entwicklung der Story erst nach einer längeren Mission miterleben zu können, soll man bereits nach Abschluss einer der wesentlich kürzeren Episoden in Conviction ein Erfolgserlebnis haben können.

Die Story des Stealth-Action Spiels soll jedoch auch im fünften Teil nicht zu kurz kommen, verriert Cedric Orvoine (zuständig für die externe Kommunikation und PR von Ubisoft) gegenüber dem Online Magazin WatchMojo.com. So arbeite man daran, alle 8 bis 9 Minuten Ereignisse ins Spiel zu integrieren, welche die Hintergrundstory vorantreiben sollen. Ob es sich dabei um eher beiläufige Ereignisse wie die früheren OPSAT Funkgespräche mit Lambert bzw. Grimsdottir und Redding oder um Wendungen wie aus den TV - Serien 24 und Alias handeln wird, ist derzeit nicht bekannt.